《现代篇》故事
那是从平淡无奇的日常崩坏开始的。 像往常一样等待着被“那家伙”温柔地摇醒，在宿舍的床上半梦半醒的门仓甲(門倉 甲)，被女性的尖叫声惊醒。 醒来的门仓甲眼前，是枪声与爆炸闪光交错的战场。挡住逼近眼前的机械之爪的自己的手臂，覆盖着钢铁的甲胄。
“这里是虚拟空间？但这番光景到底是怎么回事！？”
一名女性大喊着门仓甲为中尉，自称是他的部下，名叫桐岛蕾(桐島レイン)。门仓甲在她的催促下，驾驶着シュミクラム，从虚拟的战场逃往现实。
逃出的目的地是清城市。 那里与自己所知的学园时代截然不同，是一座荒废的城市。 一直以为自己是学园生的门仓甲，被告知那已经是几年前的事了，现在的自己是一名作为佣兵穿梭过无数战场、精明强干的优秀シュミクラム使用者。
本应对自己的人生有着重大意义的、失去的记忆…… 从被深雾笼罩的记忆中浮现出的事件名为
“灰色圣诞节”
灰色圣诞节是什么？为什么自己一直在追查那个事件？自己与那个事件有着怎样的关联？ 追溯着过去与现在两份记忆，门仓甲终将知晓这个世界发生的重大事件的来龙去脉，及其真正的意义……
本以为会永远持续下去的和平日子…… 但那却突然宣告终结
《学园篇》故事
和平的日子。重要的伙伴们，以及与シュミクラム的相遇…… 就读于星修学园的主人公门仓甲，在升入二年级前的春假，一直居住的宿舍被废寮，和损友須藤雅(須藤 雅)两人流落街头。 幸好被堂姐西野亚季(西野亜季)邀请去她住的宿舍。在抵达的那间宿舍——如月寮，门仓甲与西野亚季以及青梅竹马的若草菜叶(若草菜ノ葉)时隔数年重逢。
因为儿时的约定，从西野亚季那里得到了シュミクラム程序的门仓甲，决定和須藤雅一起参加シュミクラム战斗的大赛。 一边接受着在星修学园担任讲师的学者——久利原直树(久利原直樹)老师的シュミクラム指导，一边把作为队伍成员招募来的运动少女千夏也卷了进来，门仓甲渐渐沉迷于シュミクラム战斗的魅力之中。
就在这样的一天，门仓甲结识了患有电脑症的少女水无月真(水無月真)。 接着，在门仓甲帮助了因为生病而被纠缠的水无月真之后，一名少女出现在他面前…… 因为误会而扇了门仓甲一巴掌的那名少女，是水无月真的姐姐水无月空(水無月 空)。
然而让门仓甲惊讶的是，水无月空的容貌，竟与他在虚拟空间遇到的谜之少女库(クゥ)长得一模一样。
