200X年，在日本中心突然出现了一个大洞。世人称其为“魔界孔”！
魔界孔的出现引发了天地巨变，大地扭曲，海洋被分开，日本的列岛地形完全消失了。与此同时，大量神秘的黑色结晶出现在各地。这些被称为“B水晶”的晶体所发出的“B力量”可以令人类的肉体获得超常的能力。能力者们被称为“特体生”，并成为了平常人所惧怕的存在。
总之，日本与其他国家隔绝，进入了被由恐怖与暴力支配一切的暗黑时代。
但在魔界孔出现一年后，一名拥有强大意志与战斗力的男人将全国的特体生组织到一起，创立了学生联合，日本的秩序因此逐渐的复苏起来。然而，这一秩序并没能持续很久…………
游戏开始时的世界以初代学连总代岡邪马建立学生连合(通称学连)10年后，已改用“学圣历”为历法的日本为舞台。此时的日本已被划分为四大势力地区，分别是：由PGG统治关东(カントウ)地区；由恶梦幻AIZU(ナイトメアアイズ)统治的北海道(ホッカイドウ)地区；由护国院统治的关西(カンサイ)地区。(这里很有可能出现大恶司里的人物)；以及内乱不停，尚无统一领导的九州(キュウシュウ)地区。
一年前，学连内的各个势力尚能保持平衡。但在前代总代姬乃宫轰火死后，各势力间的天平开始倾斜，越来越不安定的味道开始在空气中弥漫开来…………
