「天见修(天見修)」是试图将现代科学技术与魔术融合的「现代魔术师」之一。虽然置身于日常的世界中，但他自觉到自己是一个生活在非日常中的人，因此隐藏着自己是「魔术师」的事实，与周围的人只维持表面的交往，保持着一定距离度日。
放学后在虹陵馆学园的天台上，修被同班同学「吾妻汐音(吾妻汐音)」告白了。然而修却拒绝了那个告白。面对努力不让人看到哭泣的表情而跑开的汐音，他感到有些过意不去，但修所生活的世界，与普通女孩所了解的世界完全不同。对他来说，作为虹陵馆学园的学生不过是隐匿于世的临时身份而已。
因为这件事，汐音的朋友、班级委员长「红野澪(紅野澪)」冲到修面前兴师问罪。以强烈的感情追问理由的澪，是班上首屈一指的才女。面对她那单方面的说辞，即便是他也难免产生了几分反感。就在这时，修的玩伴「照屋匡(照屋匡)」向他提起了一件奇怪的事。
「修，你相信『二重身』吗？」
街上流传着一个谣言，说看到自己二重身的人会失踪。匡的青梅竹马「奈月香央里(奈月香央里)」似乎看到了那个。匡也觉得事不关己而担心起来，于是来找修商量。
修将二重身的传闻当作都市传说来看待，向被称为「图书馆的魔女」的「黑芝加奈江(黒芝かなえ)」提起了这件事。加奈江虽然是个美女，但总有一种让人难以接近的气质，不过她还是认真地跟修谈了。通过加奈江的说明，香央里的不安被打消了，但修作为现代魔术师的直觉让他察觉到了不稳的气息，于是暗中独自开始了调查。
某一天。修遇到了澪正在与一个如人偶般美丽的蓝发少女战斗的场面。澪在那里施展的，明显是修所掌握的「现代魔术」。虽然感到震惊，但修看到被压倒性的力量击飞而陷入危机的澪，便释放了自己的魔术───然而，少女以力量将其粉碎，一言不发地消失了……
而且，没过几天就发生了令人震惊的事件。那个蓝发少女作为转学生，以「百野栞(百野栞)」之名出现在了教室里───。
在绫女丘暗中进行的连续失踪事件。在利害关系错综复杂的情况下，修他们与未知之物的战斗即将开始───。
