这个故事讲述的是“Puellarium”——一所被雾与荆棘与外界隔绝的学校。这里始终实行严格的纪律，空气总是紧张，时间不受打扰地流逝。然而，某天早晨，一名少女被发现昏倒在校门前。这扇门总是关闭，且只应在特殊场合开启。学生们怀疑地打量她，并要求她报上名字，她答道：“Alouette。”
就在那一刻，那座生锈且一直沉默的钟楼的钟声响起。“当钟楼的钟声响起，这所学校的终结即将到来。”正如流言所暗示的那样，这是Puellarium噩梦般动荡的开端。经历诸多波折后成为学生的Alouette违反宵禁离开了房间。她在那里看到的是已变成另一个世界的学校，以及带着杀意四处游荡的奇怪畸形存在。最后，还有一名毅然挺身与它们战斗的少女。
