事情发生在新世纪开始后不久的2001年12月25日。 那是人类历史上最大、最惨烈的灾难——“凋亡危机”。
一种名为“凋亡”的病毒开始破坏人体细胞。地球上80%的人口因此丧生，幸存者竭尽全力复兴文明。 一个世纪过去了，现在是2099年的东京。在这座居住着多种族群的大城市里，正在发生一些事情。被称为“jugglers”的网络瘾君子突然非正常死亡。死因仍不清楚。然而，很明显他们死时都在计算机网络中。 专业调查员——“Runner”高桥拓也受托调查此案，并在对其知之甚少的情况下开始调查这种危险的疾病？
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