故事舞台是由妖怪与人类共存的社会所构成的日本。 那里的“北岁妖怪学园”是为了让日本妖怪们学习和平与秩序而设立的， 就读的当然是妖怪们。 毕业生有分寸地融入人类社会，建立起友好的共存关系。
主人公“结城龙治”是刚就任北岁妖怪学园执行部通称“妖学”会长的 半人半妖（人类与妖怪的混血）。 据说拥有非常厉害的血统，但还没真正觉醒力量这点稍显短板。
会长就任前后的骚动平息后，本应在前会长·妖狐“九重柊子”和 青梅竹马·猫娘“猫宫彩叶”的协助下尽情享受学园生活，然而…… 突然，来自海外的吸血鬼“阿蕾西亚”和魅魔“莉莉丝”等 西洋妖怪学生们到来，并宣言“从今天起由我们掌管这所学园！” 他们开始因文化差异、或按自己方便随意改变不喜欢的规则，学生们爆发大冲突！ 最终，他们把目光投向拥有与学园长同等权力的妖学会长龙治并开始接近他。
夹在日本与西洋学生之间的龙治，以及学园的权力平衡将何去何从？
