主人公・岛津秀隆(島津秀隆)成为特务官已经过去2年。 岛津秋(秋)、大河内希望(希望)、水野凛(凛)等人也毕业了，正要迈向各自的道路之时，希望镇与梦想镇迎来了巨大的变化。 第三座城市，名为「大和」的都市被发现了。 为了建立和平关系而开始外交谈判，大和却提出了单方面的条件。 那就是，交出希望镇与梦想镇所拥有的全部技术力量。 特别是对仓屋敷的存在表现出强烈兴趣的大和，为了得到仓屋敷和叶(倉屋敷和葉)而提出了要求。 而且如果不同意的话，还威胁两座城市将诉诸武力。 为了避免这种状况，希望镇与梦想镇的特务官们，将投身于严酷的谈判之中。
