乃木悠人是一名独自住在城市里的高中生。一天夜里外出散步时，一个奇怪的物体从天而降……径直撞上了他。这个物体原来是一股宇宙力量，其力量强大到将悠人分裂成了三个不同的实体，每个实体都由他心灵的一部分构成。它还恰好赋予每个部分巨大的超能力！
然而，他刚开始和自己争吵，三个不同的阵营就同时找上了他。由自命不凡的科学家奥尔加·门格勒率领的三名外星人想将悠人的力量据为己有。恶魔猎人姐妹雪和由香认为悠人是必须被封印的恶魔。当然，东乡弘美——别名“Trigun”，正义的守护者——想利用这些事件来证明自己是超级英雄。
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