时代是近未来。这是一个通过赛博格技术与超巨大电脑复合体“世界树”能够在虚拟空间进行高速信息处理的世界。 在那里，被称为电脑魔女（赛博魔女）的女性恐怖分子们正在进行反政府活动。 道束史郎(道束シロウ)曾是隶属于总务省信息特务局第十三课的优秀信息局员，但在确保广域重要指定072号事件嫌疑人时，因同事如月亚纪子(如月亜騎子)的背叛，让嫌疑人逃走了。 进而被扣上了与如月串通并协助嫌疑人的罪名，作为违反服务规程的制裁，被迫接受了破坏连接电脑复合体“世界树”的连接设备的手术，在此过程中视床下部等脑神经受损导致失明，随后被特务局驱逐。 之后，他在“电脑都市木更津（新木更津市）”通过非法改造手术，凭借装有众多传感器的特殊义眼恢复了视觉。 然而，由于多次手术导致大脑受损，他变得拥有异常的性欲，沉溺于快感系的电脑毒品之中。 并且，为了筹措毒品费用，他作为非法的赏金猎人染指肮脏的工作度日。 某天，史郎的前上司、信息特务搜查局局长香我美=E=阿纳斯塔西娅(香我美＝E＝アナスタシア)出现在他面前。 她将史郎引见给了一名神秘女子——龙宫祢祢(竜宮禰々)。 接着，香我美向史郎提出委托，以修复史郎曾经失去的潜入“世界树”的能力为代价，要求他确保正与在电脑世界（精神世界）中被指定为最危险恐怖分子的死灵法师(ネクロマンサー)（死灵使）共同行动的“电脑魔女·如月”。 “从‘魔女’转职成‘死灵使’吗……真不像那家伙的作风啊……” 她难道只是被死灵法师进行了电脑污染吗？前同事真的变成了恐怖分子吗？ 借由祢祢之手获得了特殊连接设备、再次能够潜入世界树的史郎，怀揣着各种想法，再次回到了被阴谋、技术与暴力支配的电脑世界。
