太平洋戰爭結束的十年後。 開始出現一種雖然身為人類，卻擁有異形外型與能力的人。 他們被判定是罹患『人妖病』的『人妖』，被其他大多數的『人類』厭惡並且排擠。
對於他們的存在有所顧忌的日本政府，終於決定將所有人妖集中在某處的一座都市『神澤市』予以隔離。
有一名叫做武部涼一的少年。 身為人妖的他、由於隱藏著某種危險性，因此他並非被留置於『人妖都市．神澤』，而是隔離於孤島的醫院。 他在那裡遇見了『鈴』。 即使各式各樣的人想要離開他，卻只有這名女孩一直陪在涼一的身邊。 然而，引發了某個事件的涼一，以此為契機與鈴一同逃離了醫院。 兩人改名為如月雙七與如月鈴，潛入了『人妖都市．神澤』。 這是一座外圍被巨大的防壁籠罩，人妖為了人妖而建立的妖人都市。 憧憬已久，平穩的日常生活與學校生活。雙七就這麼沉浸在其中—— 即使在他人的眼中有多麼微不足道，對他而言卻是無可取代的寶物。 然而，為了鈴的『某個秘密』，政府機關與邪惡份子盯上了她。
