新生魔法少女、诞生。 不为人知地狩猎邪恶――
魔法环境示范城市……神扉市（かんどし）。 那是首次观测到新能源“近代魔法”并成功实现实用化的城市。 在设于那里的神扉学园就读的主人公・远野圆，与青梅竹马卡娜塔一起过着快乐的日子。 然而某一天，因遭到魔法犯罪者袭击，这一切骤然一变。
被置于生命危险中的圆，被如同风一般出现的魔法少女救下。 刚松一口气，看到救了自己的那名少女的脸，圆便受到冲击。 「卡娜……塔？」 「等、圆，为什么……？」 那正是总和自己一起度过的青梅竹马卡娜塔。 魔法犯罪者趁两人动摇的空隙发动攻击，两人陷入绝境。
圆陷入恐慌，但卡娜塔对这样的圆说道「没关系哦」，投以温柔的话语和温暖的笑容。 被卡娜塔启动的力量及其光芒包裹着，圆的意识沉入黑暗深处。 数小时后，圆恢复了意识，但她的身姿却是少女・卡娜塔的。 圆的精神进入了卡娜塔的身体。
从此，原本理所当然的日常彻底改变。 圆变成卡娜塔，被迫以不习惯的女孩子身体生活。 作为女孩子的生活与快感，向为了卡娜塔、也为了尽早找到恢复原状方法而奔走的圆袭来。 然后，作为魔法少女的战斗与○辱开始了。
