故事从主人公“剑崎恭也(剣崎キョウヤ)”将EVA四号机搬入NERV本部后开始。 他将遭遇驾驶员护卫、恐怖分子袭击、NERV内部暗中活跃的阴谋等各种事件。 在执行任务、与NERV职员们产生心灵纠葛并触及各自想法的过程中，他逐渐开始抱有疑问。 NERV的目的“人类补完计划”之谜，被植入使徒基因的自己应前进的道路究竟是…… 【基本故事】 沿袭TV版、电影版的故事。通过谍报员剑崎恭也，可以重新确认福音战士的世界观。 此外，在支线故事中，描绘了与NERV职员、EVA驾驶员们的交流。 【主人公故事】 被植入使徒基因的主人公最终察觉到这一事实，为作为人类的生存方式而苦恼，并发现自己的道路。 在支线故事中，描绘了NERV职员的过去，以及各自怀有的心灵纠葛。 【瞳的故事】 通过身为科学家的瞳(ヒトミ)，表现碇唯(碇ユイ)所追求的计划以及NERV职员的心情。 在支线故事中，描绘了角色们各自对与使徒战斗的想法。