这是 Hyper→Highspeed→Genius 的另一段讲述，除了回归的主角九四郎与女主角梅菲斯特之外，还换上了一组新的女主角。
九四郎醒来时失去了记忆，甚至不知道自己的名字，直到妹妹光告诉他。他们就讀于叶月学园，这是一所培养天才成为“圣女”的公立学校。光是听到“圣女”这个词，他的头就痛了起来。仿佛这个词在过去对他有着重要意义，但他却想不起来。
他在学校里遇到了三位女孩：来自弥生学园、最具圣女风范的抚子；圣四月学园圣女骑士团候任领袖菲安娜；以及在研究魔法与“gift”的如月魔法学园就读、世界上唯一拥有三种“gift”的天才莎莉。他有一种预感：如果她们中的一人成为圣女，世界就会毁灭。
此外，还有人想要他的命。神秘袭击者冷月告诉他，他的存在会导致这个世界崩坏。然而就在那一刻，他隐藏的“gift”觉醒了——“hyper highspeed”，一种能拥有无限并行思维的能力。随后，他来到一座令他似曾相识的巨大图书馆。一个长得和光一模一样的女孩向他打招呼：“好久不见，还是该说初次见面？我是梅菲斯特，我站在你这一边，要毁灭这个世界”。
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