主人公就读的「皇学园」，如今正被被称为五雄藩的5所学园所觊觎。 为了得到皇学园雄厚的资金力，以及沉眠于此地的某件物品，五雄藩逼迫其做出决断。 各自要求着「加入我的麾下吧」——
曾经皇学园统治着许多学园，维持着和平的学园生活。 然而学园战国战争爆发后，各学园分裂成数十个，开始标榜独立自立。 其中，特别被认为有实力的学园便是五雄藩。
曾是实力校的皇学园的学园总裁·美龙，在接连不断的战斗中身受重伤，濒临倒下。 就在那时，她遇到了因为某个理由转学到皇学园的主人公，并与他交叠了身体。 于是，濒死的身体恢复了，免于一死的美龙看破了主人公是拥有“日之元素”的适格者。
希望能与五雄藩中的任意一所结成同盟，终结学园战国时代—— 接受了美龙愿望的主人公，将与五雄藩中的任意一所结成同盟，为了给群雄割据的学园战国时代画上休止符……他能挺身而出吗！？
