回到故乡“木见影岛”的主人公绯村和树，转入了熟悉的少女们就读的学园“姬有里”。
新的学园生活刚开始之际，和树便被○引参加了探究一切“秘事”的活动——“秘事探究部”简称“姬探”。
追随其后，与和树有缘的少女们也参加了进来，探究的日子朝着意想不到的方向发展而去。
在此期间，和树遇见了存在于学园中的秘事——“铃兰”……
眼下铺展开来的新绿草原。听说自那天起便不再开花的那朵花，如今已变成了铃兰草。
并且，学园里有一个传说……“向铃兰献上○的思念，花朵便会绽放，看到它的少女，那份思念就会实现”。
在铃兰身上实现了思念的5位少女。当与她们交错之时，他停滞的时间将开始转动。
