時は戦国 諸国の大名が天下統一の旗印を掲げ、群雄割拠する動乱の時代… 遠く人里離れた山深い霞谷に拠点を置く忍者集団・朧衆（おぼろしゅう） 朧衆の青年忍者・鷹目は、密命の途中であるに関わらず、父親である頭領・幻十郎から招集を受け 火急の任務を言い渡される。 「掟を破って霞谷から逃亡し、抜け忍となった睡蓮、楓、雛菊の くノ一三姉妹を捕縛せよ」 朧衆の掟では、抜け忍は捕らえ次第死罪と決まっている。 しかし、何故か幻十郎は掟を無視して生かしたまま捕獲せよと厳命する。 しかも、三姉妹を霞谷まで連行したら、鷹目の手で調教して従順になるように躾けよと命じたのだ。 不可解な幻十郎の命令を鷹目は訝しく感じながらも、 使命を全うするべく、配下の伽流羅（かるら）と共に三姉妹追跡を開始する……。
