随着领导兽人的第一代和第二代领主死亡，自卫队与美军发动了大规模反攻。20XX年冬天，夺回关东地区的第二次作战开始了。
失去领袖、又面对量产型反兽人武器的兽人迅速被击败，作战看似取得了成功。然而，在将战线推进到东京后，一支执行侦察任务的胧部队遭到伏击并被消灭。
究竟是谁在暗处操纵着失去领袖的兽人？
为了解开这个谜团，一直从后方指挥此次作战的胧忍者御影梓再次前往前线。
然而，这一切都是为了引诱梓出动的陷阱。许多变异兽人接连出现在梓和后辈水风面前。而且，站在梓和同伴面前的是本应已经死去的“那个男人”，以及被称为“君主”的最强兽人。
如今，为了夺回被兽人夺走的和平，梓最大也是最终的战斗拉开了帷幕。
