时代是现代，在杏都（きょうと）的城镇里的全寄宿制女子学校，“私立愛津女学園”（あいづじょがくえん）作为一所传统名校而为人所知。 然而，受少子化及社会经济状况等影响，学生数逐年减少，成为了学园的一大问题。 于是，学园教头提出了构思已久的愛津女学園“男女共学化”的提议。 对此，重视历史与传统的学园长・松平並盛（まつだいら なみもり）不赞同学园男女共学化，强调要维持现有体制。 由此，学园的女学生们也分成了两派，期望自由校风及与男学生恋爱的赞成共学化，重视传统与学园秩序的反对共学化，学园形成了分裂成两半的局面。 不知何时起，维持现有体制的学生被称为“佐学派”，而排除现有体制期望共学化的学生被称为“討学派”，学园中两股势力持续发生小摩擦的事态就此形成。 也出现了支持并统合討学派的学生，对学园秩序逐渐被扰乱感到危机的並盛，进行了以维持学园治安为目的的风纪学生们的选拔。 就这样被选拔出来的守护学园治安的女性剑客集团。身穿浅葱色山形纹羽织的她们，在敬畏与羡慕的目光中被如此称呼。 ───『新選組』。 然后，在这个风云告急的愛津女学園，故事从一名转校生到来之际开始。 他的名字是“松原 悠”。是正与愛津女学園商讨共学化事宜的“佐都間男子校”理事长的独生子。 在实现共学化之前，原计划试验性地转入数十名男学生，但由于並盛断然拒绝如此大规模的转入，最终只有身为理事长儿子的悠一人转入。 理所当然，討学派的学生们为了获得共学化的优势而试图将悠拉入自己的阵营，对此佐学派的学生们为了不让悠落入討学派之手而试图拘束其人身。 就这样，在满是女生的学园里，围绕一名男学生展开的一大争夺战就此拉开帷幕！
