被海与山夹在中间、坡道众多、让人感到几分怀念的城镇，御碕町。
在这座港町，少年莱卡过着极其普通的青春生活。 他和青梅竹马、身为巫女的伊吹，以及女仆尤莉一起，在姬守学园享受着明朗的校园生活。 ………本应如此才对！？
他的父亲冻仁，竟然是“魔女娘”。
而且，为了瞄准据说藏在学园某处的魔法宝石・魔晶石（玛娜棱镜）， 神秘魔女娘们不断来袭，真是不得了了！！ 更糟的是，莱卡继承了父亲的衣钵，明明是男孩子却落得成为魔女娘的下场！ 我明明不想穿女装啊！明朗的青春回来吧！
莱卡使用变灵晶柱，变身为火焰魔女娘绯红红。 为了守护姬守学园的和平，与敌方魔女娘战斗的日子开始了！ 接二连三出现在莱卡面前的新魔女娘们。究竟哪个女孩是同伴，哪个女孩是敌人！？
在千年一遇、大幅接近地球的『玛吉彗星』闪耀的天空下，现在 前所未有的『魔女娘☆大逃杀』开始了！
