以培养反恐特种部队等未来承担国防重任的人才为目的而设立的学校组织SORD。因各种原因失去去处、失去容身之所的少女们，被送入SORD拿起了枪。因为那是获得生存许可的唯一方法。
阿拉塔担任训练员的SORD训练校“美滨学园”D班，是被戏称为“不良库存”的差生集合。为了让学生们能多活一天，阿拉塔使用神经信号连接技术“PeTS”进行训练。
某天，他遇到了一位不可思议的少女。在恐怖分子的据点里，在培养槽中沉睡的少女艾尔。仿佛被命运引导般，与艾尔通过PeTS连接的雅纪克服了穷途末路的危机，将她迎入班级。
然而，那也是与神秘的恐怖集团海迪奥之间战斗的开始。
这是失去去处，只能拿起枪与实弹的少女们的故事——。
