1992年9月。 东京遭到名为キョム的组织总攻击。 后来被命名为『东京失落生命现象』的事件，这就是其开端……。
作为保育员工作的织部碧，和孩子们一起逃离被破坏的东京街道。 然而，途中一度失去意识，醒来时孩子们已不见踪影。 为了寻找他们，碧坐进了博物馆中展示的人机·ナナツー的上方座席，但它并不像想象中那样动起来。
「难道说……下面的座席……！」 「答对了。这家伙是旧式，只靠上面可动不了哦」
出现在那里的是小河原两兵。 他坐进ナナツー的下方座席，启动了ナナツー。 碧以为这样就能寻找孩子们了，但紧接着便遭到キョム的人机·バーゴイル袭击，毫无选择余地地被卷入战斗。
「如果有想守护的东西……就用你自己的力量守护给我看！！」
虽然对自己所处的状况感到困惑，碧还是因两兵的话下定决心，投身于夺回被占领东京的战斗之中……。
