过去某个时候，这个世界开始有生物出现。妖怪、怪物、恶魔。那些吞食孩童、把男人变成无声肉块的生物被称为“鬼”。
在暗中与它们对抗的人被称为“驱魔师”。支援他们的组织被称为“公会”。他们的存在绝不会向公众公开，但有时据说他们拥有足以让当时的掌权者如人偶般随意行动的影响力。
现在是现代。作为普通学生生活的青年，Sakagami Homura。他被某人绑架，醒来时正乘在一艘巨大的渡轮上。出现在他面前的是态度恶劣的男人Kajimae；自称“驱魔师”的三名少女Mai、Anya、Kaho；以及会说话的剑Onitorimaru。
“你与我们相同，所以拿起斩杀鬼的剑Onitorimaru，去斩杀鬼吧。”
困惑的Homura得到心地纯洁的少女Chizuru的帮助，试图逃跑，但失败了。那时出现在他面前的是真正的“鬼”。他被卷入的战斗，以及与他产生共鸣的剑“Onitorimaru”。等猎鬼结束时，Homura意识到自己的命运正处在变化之中。
在他抵达的海滨岛屿上，Homura最终与三名驱魔师少女住在同一间宿舍，并上同一所学校。也成为他同班同学的Chizuru，对生活已面目全非的Homura来说是一剂良药。起初虽然有些别扭，但Homura等人在日常生活中开始相互理解。
就在他们逐渐习惯平静的日常生活时，Chizuru遭到鬼的袭击。逃跑的学生们，片刻前还是朋友的同学被鬼杀死并吃掉。为了生存、为了保护人们与朋友、为了拯救所爱之人，Homura等人的战斗开始了。
