就读于星阳学院的学生，藤见光彦。 那一天，他被青梅竹马白鸟里樱叫出来，留在了夜晚的学园。
来到约定地点的光彦面前，里樱正要向他告白。 然而里樱的话语，被突然响起的惨叫声盖过了。 立刻赶过去的光彦看到的，是表情空洞地站在屋顶边缘的同班同学，天迫恋星的身影。
恋星没有回应光彦等人的呼喊，从那里跳了下去。 光彦下意识想要接住她，但在他的眼前，恋星的身体被神秘的光芒包裹。 还来不及惊讶，光彦便受到强烈的冲击，就这样失去了意识。
不久后醒来的光彦，看到了难以置信的景象。 高耸的岩壁，以及头顶上可见的小小天空。 在它们下方，是他们的学园。 星阳学院因神秘地震，坠入了大地上开出的巨大洞穴底部。
和光彦一样留在学园里的，还有会长姬川若菜、低年级生羽衣桃花。 以及为数不多的教师们和其他学生们…… 光彦和大家齐心协力，开始寻找从大洞中逃出的方法。
就这样，他们以地面为目标的冒险开始了……
