『实现愿望的，神明的蛋——』 突然来到家里的3位女神之子。她们所持有的蛋的秘密是？ 主人公沙門天馬（さもん・てんま），自数年前双亲过世以来， 在小镇上经营着一家咖啡店。 大学毕业的天马也有去企业就职这条路， 但他决定继续经营这家从小就充满感情的店。 经营店铺也有困难，但多亏了双亲的遗产和住在隔壁爱照顾人的花楠 （かなん）的帮助，至今没有发生过什么特别大的问题。 某天，主人公找到了小时候经常玩耍的破旧神社。 怀念着过去，想着去参拜一下吧，便穿过了格外高大的鸟居。 于是，不知从何处传来了声音。 “——你的愿望只会实现一个哦” 不久那个不可思议的声音就消失了， 主人公因过于离奇的事件而失声…… 第二天，两位少女造访了主人公这里。 她们小心翼翼地抱着稍大的蛋，对主人公这样说道。 “——我们来实现你的愿望了” 自称真音（まお）和鈴音（すずね）的两位少女， 说自己的命运取决于是否实现主人公的愿望。 就这样，与两位少女的奇妙同居生活开始了…… 然而，与此同时，黑发的年幼少女正发出不祥的脚步声 逼近一事，主人公无从知晓。
