地下殖民地“Agnoshia”。居住在那里的人们被机器“Arcon”控制。Rishe的父亲是一名科学家，他的遗言说“Taltaros”中沉睡着某物。她前往那里，发现了处于冷冻休眠中的Ash，并使他苏醒。“Arcon”攻击Ash，但他轻松击败了它……从它的残骸中，出现了一个影像。它说她的名字是Sakura，并告诉他们前往“Agnoshia”的顶层。Ash和Rishe决定去那里……
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Apocalypse -Deus Ex Machina-的玩法由冒险部分和俯视角2D射击组成。
