叶山雄大是「私立圣乃魔法修术学校」二年级生。 雄大以「无论如何想要独立自主」这个非常积极的理由， 进入了有单人房宿舍的圣乃就读。
取得一级炼金执照的最年轻记录保持者、稀世的天才 『葛木桃花』 才貌双全、连雄大也为之倾心的高岭之花 『䌷绫音』 注重秩序、视桃花与雄大为眼中钉的武斗派班长 『间宫凛子』 爱做白日梦、十八般武艺样样不行的一年级生 『屋上光』
虽然日子并不平静， 但雄大仍无聊且无恙地享受了一段平稳的学校&住宿生活。
然而某一天，桃花突然对雄大说她想制作「纯金」。 从人类开始记述历史以来的数千年里， 仍没人发现使用炼金术制成黄金的秘诀。 如果能成功制造出黄金的话，那势必能获得诺贝尔魔法奖。 ——若是炼金术真的成功的话，一定要最先让雄大看看。 这个能见证历史性瞬间的权利，桃花要求雄大以 「刚射出来的精液」作为交换。 在争论和一番波折的最后，雄大提供了精液。
而炼金术的炼成结果却诞生出一颗植物的种子。 据说这个植物结出的果实会变成纯金。 雄大的思绪飘驰在以自己精液为原料而成长的植物身上，并且深深感叹。
数日后，以异样速度成长的树木所结出的果实， 居然是一颗闪耀着七色光芒的诡异（不可思议）橘子。 桃花因为这个跟黄金毫不相干的生成物而感到沮丧， 为了安慰桃花，雄大便将这颗橘子命名为「炼金橘子」。 有着彩虹色的橘子真的只是颜色不同的橘子吗？还是说…？
以失败之名的奇迹所诞生出来的魔法橘子，围绕在这颗橘子周遭的故事正要开始——
