20世纪初，公元1907年。
那里是与我们所知不同的时代、 走过与我们所知不同历史的地方，充斥着无数蒸汽机关。 异常发达的蒸汽文明所产生的排烟转眼间便填满天际，夺走了人们的蓝天。
其中，有一处天空最为昏暗的地方。
被永劫持续的灰云与雨水覆盖的废墟，旧重机关都市纽约。 5年前因名为《大消失》的原因不明灾害而全土化为废墟的昔日摩天楼， 被合众国政府完全封锁，如今连一个人影也没有的那座城市， 一名女子埃莉西亚踏入了其中。 带着一个目的。
女子朝着被视为灾害中心的旧曼哈顿，静静地开始前行。
另一方面——
有一处被称为旧重机关都市纽约“地下”的地方。
地上没有任何人知晓其存在。
被昏暗紫色灯光照亮的广阔地下空间。 那里存在着5年前消失的摩天楼街景。 不过，伴随着巨大的扭曲。 扭曲成异形，被染成黑色与紫影的、 没有出口的地下世界《地下纽约》之中， 本应消失的人们确实存在着。
一边畏惧着7体被称为《御使》的怪物的脚步声。 一边忍受着7体被称为《御使》的怪物所带来的恐惧、痛苦与死亡。
人们在扭曲的地下城市中，仿佛在等待着什么一般留驻不去。
一名少女莉莉踏入了那里。 没有一切记忆。 对莉莉来说，明白的事情只有一件。 不知道理由。 有什么、谁在那里。 为什么自己会这么想。 尽管如此，只有一件事。
「曼哈顿。紫色天空的尽头」 「那里。我，不，只有我必须去」
——少女以遥远彼方的紫影之塔为目标。
——不断触碰着留存思念之人的虚幻影子。 不知不觉流着泪。
