那是……稍微有些未来的故事。 一度被认为在社会上获得了公民权的御宅业界，因为巨大的监管而试图回到过去那样的地下世界。 监管还急剧地波及到了网络，以前人满为患的交流工具“IRIS”，也因为轻度用户的减少而开始显露出衰退的征兆。
生活在那个时代的主人公·悠斗，是个对自己的交流能力没有自信的怕生者。 并且隐藏着自己“二次元御宅”的身份，过着无法安心的现实生活。
对于回避现实中的交流、只在网上积极与他人搭话的悠斗来说，IRIS的衰退是个大问题。 然而他只能过着叹息“自己也无能为力……”的日子。
但是在那样一台他的电脑上，被认为是都市传说的魔法浏览器“心灵导航”的次世代版——“心灵重启”被强制安装了！？ 被吸入网络世界的悠斗，在有着银色发光树木的风景中，遇到了谜之少女·阿尔法(アルファ)。
“阿尔法……一直在等你！的！”
仿佛现实一般能与网上的漫游者们接触的梦幻般的软件。 但是为了使用它，需要只有对现实女生心动才能获得的“导航币”。
为了过上充实的二次元生活，悠斗不情不愿地开始和现实女生们交流。 无论在网上还是现实都接连发生的众多事件……这一切，都是“心灵重启”的错？
