两年前的秋天，一名新人被分配到了化学俱乐部警务局调查部第一课。
他对那些从头到尾都由警务局情报部决定、并沦为纯粹形式手续的调查感到厌烦。
那时，第一调查部的部长Hanmyou找到他，问他是否愿意和自己组成搭档。尽管对自己这样的新人为何会被选中心存疑虑，渡边还是接受了。
过了一段时间，渡边接到了一项秘密调查的命令。
有人怀疑Fukurasuzume高中的二年级学生重村是否与“Netsect”有关联。自“互联网停止之日”以来，“Netsect”就是反抗并抵制各国颁布的互联网监管法的黑客组织的残党。
如果重村与“Netsect”有任何关联，化学俱乐部就需要以适当方式“处理”他。
渡边在学校内开始了他的第一次秘密调查。
