学园隐藏的秘密，黄昏时分交错的两个世界。 ……你们没有感到疑问吗？他们从哪里来，又要回到哪里去 夜与昼的界线终有一天——会交汇吗。
位于深山的全寄宿制学园“天秤瑠璃学园”。 矗立着巨大时钟塔的那个地方，并非只是一座普通的学园——。 主人公·满琉作为转校生来到这所学园后，背负起了“特殊事案调查分室”通称“特查”的职责。 满琉与特查的同伴忧绪等人一起，度过着解决这所不可思议的学园中发生的各种麻烦的日常。
就在这样的某一天，学园里出现了一位意料之外的访客。 为了寻找祖母的纪念品，远从异国而来的少女·阿德尔海特。 这位不好对付的客人，被推给了特查的众人。 “是呢。就让我见识一下你们的本事吧” 在围绕阿德尔海特寻找失物的日子里，此前理所当然流逝着的所有时间开始转动。 那就是——学园隐藏的秘密，黄昏时分交错的两个世界。
他们究竟是从哪里来的？又要回到哪里去？ 而夜与昼的界线终有一天——会交汇吗？ 面对全新的谜团与秘密，主人公们的奔波再次开始！
