星修学园的学生门仓甲(門倉甲)某天在虚拟战场中醒来。 回想起自己现在是佣兵，是一名优秀的修米克拉姆（战斗用电子体）用户的甲，也想起了自己曾与部下、也是唯一的搭档桐岛蕾(桐島レイン)一起追踪着某个人物。
那个人物是甲曾经的恩师，久利原直树(久利原直樹)。 他所属的研究机构被认为引发了那场如噩梦般的事件“灰色圣诞节”。
追寻夺走了和平学园生活与同伴们这一切的事件真相的甲面前，出现了更多的谜团。 阻挡在前的AI派宗教组织多米尼恩，从学园时代起就结下孽缘的对手吉鲁贝鲁特(ジルベルト)的暗中活跃。 GOAT的王牌、指挥官的真面目是什么？方舟计划又是什么？ 还有仿佛为了帮助甲而出现的神秘现象，特异点究竟是什么？
此外，逐渐恢复记忆的甲也与学园时代令人怀念的同伴们重逢了。 青梅竹马的菜叶(若草菜ノ葉)、再表姐亚季(西野亜季)、挚友千夏、雅(須藤雅)…… 依然如故，或是各自发生了变化的友人们。 依然下落不明的真(水無月真)。 以及，在灰色圣诞节中本应永远失去的空(水無月空)，和与她长得一模一样的NPC库(クゥ)。 在甲面前，屡次现身自称代理人的NPC，究竟是库，还是……？
当无数谜团合而为一之时，真实之门将会开启。
