2008年，东京——。
以绝对的政治力为背景进行超法规活动，其实态与目的却被谜团笼罩的研究机关“古痕”。在汇聚了各领域杰出人才的该组织中，有一位格外大放异彩的研究员。他的名字叫津名川宗慈。他精通基因工程学，从事战斗用仿生人的研究，其知识的深度与鲜明程度，简直就像“从一开始就知道答案”一样。
在研究阶段被制造出来，并被命名为艾玛(エマ)、沙友、透花的三名少女，因为被追加了第24对基因而被称为“额外者”。表面上看似平稳的他与她们的日常，以与入侵研究所的正体不明的军事机器人的战斗为界发生了变化。
跨越各种事件，逐渐明朗的计划全貌与各自的真正目的，以及与额外者相关的人们的悲伤过去。得知额外者作为兵器的性能后，开始暗中活动的军方。基于独自的正义行动的公安无编号特工“荒山鸟人”。对津名川燃起竞争意识的另一位额外者开发者“高宫艾伦(高宮 エレン)”。
在交错的人们的心思中不断加深的谜团。……“古痕”、“起源”、以及“巴别塔”究竟是什么……。无处可去的诸多摩擦如多米诺骨牌般加速，故事将一切卷入其中，向着终焉攀升而去……。
