名门私立梁谷学园，每周都会进行风纪检查。 今天也是从清晨起，撩起裙子的女生们便排成一列，风纪委员在检查表上挥动着笔。 负责在前线指挥的，是身为风纪委员长的主人公・伊杉海神。 在他身旁忙碌地进行统计的，是女主角・水无月真日和（水無月まひわ）。
在这所学园里，出于尊重学生自主管理的校风，学生会与各委员会拥有极大的权力，特别是学生会会长及干事、各委员会委员长的权限非常之大。 此外，脱离现代社会观念的陈旧教育方针大行其道，打着特别指导的幌子，体罚和强制征用也在公然进行。
在这样的学园内，发生了离奇的女学生失踪事件。 展开调查的风纪委员长海神，巧妙运用被赋予的特权与能力，从各种女学生那里套取情报，追寻事件的去向。 接着，他得知拥有竞争对手桜木飒人（桜木颯人）的学生会与事件有关，从而燃起了斗志，然而…… 但是，随着追查事件，学园深处蠢动的黑暗逐渐浮出水面。 他终于得知，那个通称“系统”的存在，其实笼罩着整个学园。
