2036年2月6日15时28分15秒... 世界上所有的电脑，由于超出了自1900年开始计算的数字标准时间上限值42亿9496万7295秒， 导致全球防卫攻击系统陷入误操作这一最糟糕的事态。 军事卫星的咆哮如同神之铁锤一般倾注在地上，瞬间毁灭了世界上最主要的都市。 纽约、伦敦、上海、莫斯科以及新宿。 这就是后来被称作“失落之晨”的大规模灾害。 这场灾害，是否就是对人类实施的制裁呢？若是的话，施加制裁的究竟是何人？ 还是说，这只不过是更加惨烈的灾厄的序章？ 在混乱的趋势逐渐诞生之时，匿名代码的故事开幕了。 舞台是2037年的东京都，中野区。 「——将神，黑掉吧！」
2037年、東京・中野。2036年2月6日に発生した世界的大災害「サッド・モーニング」による被害を免れたこの地で、主人公・高岡歩論（ポロン）は、親友の弓川十字（クロス）とともに、ハッキングの仕事をこなして生活を送っていた。
そんなある日、些細な言い訳から相手不在の「駆け落ち」を宣言したポロンは誰も居ないはずの待ち合わせ場所で謎の少女“モモ”と出会う。
直後、モモを追って現れる謎の襲撃者たち。
逃走劇の最中、ポロンはまるでゲームのように時を記録しやり直すことが出来る「セーブ＆ロード」アプリを入手し窮地を脱することに成功するが、それは更なる事件の幕開けに過ぎなかった……
解決不能事件「クエスト」を次々と仕掛ける謎の天才ハッカー「Cicada3301」。 凍結されたはずの地球シミュレータを復活させた「垓機関」。 そして影で暗躍するバチカン「５１３聖務室」の刺客たち。
ポロンはモモとの出会いをきっかけに様々な思惑に巻き込まれ、世界を揺るがす大事件に立ち向かうことになる。
ハッキング、そして「セーブ＆ロード」を駆使して立ち向かった先に待ち受ける真実とは？
無数に分岐する現実を「ハッキング」し、世界を救う結末を“ロード”せよ！
これは、未来を書き換える“ハッカー”たちの物語。
