位于日本西南方向、偏远的四季如夏的孤岛・月読島（つくよみじま）。 主人公芳乃零二（よしの れいじ），是个住在岛上的普通的学生——“原本”。 有一个美丽的少女，救了突然陷入超乎常理的困境的零二。 她正是『No.13（ミッシングナンバー・サーティーン）』、由古代流传下来的传说中的“戦略破壊魔術兵器”—— 俗称『魔法』的超科学兵器。
『戦略破壊魔術兵器（魔法）』的形状能够体现出拥有者的形象，被给予其独一无二的特殊“能力（チカラ）”。 然而，他所能使用的两种“能力（チカラ）”—— 却是「召唤24小时之内所遇见的人」 以及「让物质恢复24小时前的状态」 这样与兵器和战斗风马牛不相及的能力。
然后与追求和平生活的零二的想法相反，他被卷进了赌上了重要东西的13人的『被召唤者（魔法使）』之间的战斗之中。
在月読島轮回重复的『超能力者（魔法使）』之间的悲哀的战斗的宿命（连锁）。 他的赌注，就是他想守护的对他极其重要的日常生活、青涩的青春校园生活。 为了切断犹如da capo一般的斗争命运，零二今天也在战斗的漩涡中奋进——
